Un rapport de la Cour des comptes met en cause la gestion de Claude Bartolone et de son successeur à la tête de la Seine-Saint-Denis :
- Un cabinet de 14 personnes au lieu de 11 ( le cabinet du président du conseil général de Seine-Saint-Denis ne peut excéder 11 personnes),
- Échange de "bons" procédés avec un autre élu
- Agents départementaux payés 35h pour 27h travaillées ; ce qui représente un cumul de 825 751 h non travaillées.
Hérité d'une situation datant de 2001, Claude Bartolone n'est pas intervenu. Le rapport met alors en cause la gestion des ressources humaines, le temps de travail inférieur à la base légale annuelle, mais surtout d'un manque de fiabilité et de transparence sur la gestion des comptes du département ; entre autres.
Il a été récemment mis hors de cause concernant l'affaire d'un possible emploi fictif concernant Didier Ségal-Saurel, proche de Bartolone, embauché en 2012 : il s'est avéré que l'emploi n'était pas fictif.